История Отдела программирования ведет свое начало с 1957 года и тесно связана с историей СО АН. Директор Института математики академик C.Л.Соболев пригласил молодого заведующего отделом автоматизации программирования Вычислительного центра АН Андрея Петровича Ершова на работу в создаваемое тогда Сибирское отделение Академии наук СССР. А.П. Ершов берет на себя обязанность организатора и фактического руководителя Отдела программирования Института математики СО АН.
Распоряжением Оргкомитета Сибирского отделения N 272 младший научный сотрудник Института математики с Вычислительным центром И.В. Поттосин с 1 ноября 1958 года назначается и. о. заведующего Отдела программирования в составе ВЦ. Эта дата и отмечается как день рождения Отдела программирования.
В 1960 г. А.П. Ершов становится формальным главой этого отдела и переезжает в Сибирь.
В 1964 г. Г.И.Марчук создает Вычислительный центр СО АН СССР. Отдел программирования, возглавляемый А.П. Ершовым, вливается в состав ВЦ. Благодаря Ершову Академгородок становится одним из ведущих центров по программированию. Ершов создал известную новосибирскую школу системного и теоретического программирования, исследования которой складывались из работ его учеников и последователей в различных новосибирских институтах.
Сам А.П. Ершов, будучи только заведующим отделом и, впоследствии, отделением Вычислительного центра, стал идейным руководителем и неформальным главой большого и активно работающего содружества новосибирских программистов.